Rencana pendirian perseroan terbatas BPRS Bobato Lestari yang bergerak dalam usaha jasa keuangan perbankan oleh KSP Bobato di mulai pada tahun 2012, dengan mengirim para calon Dewan Direksi untuk mengikuti pelatihan dan pendidikan perbankan syariah di Jakarta dan Bogor yang diselenggarakan oleh Lembaga Pendidikan Perbankan Indonesia (LPPI) di Jakarta, khususnya pada pendidikan dan pelatihan sertifikasi Direksi BPRS karena untuk pejabat direksi pada suatu lembaga keuangan perbankan harus sudah mendapat sertifikasi dibidang kualifikasi Direksi, dan untuk selanjutnya di ajukan sebagai direksi BPRS Bobato Lestari pada Bank Indonesia.

Kemudian dalam rencana pendirian BPRS tersebut harus mendapat persetujuan Rapat Anggota Koperasi, maka pada Rapat Anggota Tahunan KSP Bobato pada tanggal 22 Januari 2013 Rapat Anggota menyetujui dan memutuskan untuk mendirikan BPRS dengan nama BPRS Bobato Lestari dengan badan hukum perseroan terbatas (PT), dan selanjutnya dibentuklah tim pendiri yang terdiri dari 3 orang dengan ketua H. Zainuddin Husain (Direktur Utama BPR Bobato Lestari), anggotanya Ade Umar (Direktur BPR Bobato Lestari) dan Husni Abdul Halim (Calon Direktur Utama BPRS Bobato Lestari).

Hasil keputusan RAT KSP tersebut selanjutnya ditindaklanjuti dengan melakukan studi banding di BPRS Sukowati Sragen di Kab. Sragen Jawa Tengah dan BPR-BPR di Solo Jawa Tengah yang difasilitasi oleh Kantor Perwakilan Bank Indonesia Maluku Utara di ternate.

Tanggal 20 Mei 2013, tim pendiri mulai action dengan mengajukan permohonan persetujuan Prinsip pendirian BPRS Bobato Lestari ke Kepala Divisi Perizinan Perbankan Syariah, Departemen Perbankan Syariah Bank Indonesia di Jakarta dengan nomor surat No. 028/KSP-B/V/2013. Dalam pengurusan permohonan persetujuan prinsip tersebut, telah direspon dengan baik oleh Bank Indonesia dengan meminta sejumlah kekurangan dokumen lainnya, hingga pada tanggal 13 November tahun 2013, surat pemberitahuan dari Bank Indonesia bahwa seluruh fungsi, tugas, dan wewenang pengaturan dan pengawasan kegiatan jasa keuangan disektor perbankan beralih dari Bank Indonesia ke OJK sesuai dengan Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2011 tentang Otoritas Jasa Keuangan, sehingga seluruh berkas pengajuan izin prinsip BPRS dikembalikan ke tim pendiri untuk selanjutnya di kirim kembali sebagai pengajuan baru/dari awal lagi ke kantor OJK di Jakarta, dengan demikian maka pada tanggal 25 Maret 2014, permohonan persetujuan prinsip BPRS dan dokumen dikirim oleh tim pendiri ke OJK Jakarta untuk diproses.

Proses permohonan persetujuan prinsip pendirian BPRS Bobato Lestari hingga disetujui oleh Otoritas Jasa Keuangan kurang lebih 1 tahun 3 bulan, dengan dikeluarkannya surat persetujuan prinsip pendirian PT. BPRS Bobato lestari dengan nomor S-32/PB.1/2015 di Jakarta tanggal 15 Juni 2015. Dalam rangkaian proses yang dimulai dengan permohonan izin prinsip tahun 2013 tersebut, calon dewan Komisaris, Direksi, DPS dan PSP di undang untuk dilakukan uji kepatutan (fit and proper test) yang dilakukan oleh OJK pada tanggal 15 dan 16 Desember 2014 di Kantor Perwakilan OJK di Manado.

Setelah izin prinsip pendirian BPRS Bobato Lestari di terbitkan oleh OJK, maka pada tanggal 19 November 2015 tim pendiri mengajukan permohonan izin usaha BPRS Bobato Lestari dengan nomor surat 001/BPRS-BL/11/2015 dengan lampiran akta pendirian badan hukum BPRS, daftar pemegang saham dan calon pengurus ke Otoritas Jasa Keuangan Jakarta.

Pemberian izin usaha PT. BPRS Bobato Lestari dikeluarkan oleh Otoritas Jasa Keuangan dengan surat Keputusan Dewan Komisioner Otoritas Jasa Keuangan Nomor Kep-52/D.03/2016 tentang Pemberian Izin Usaha PT. Bank Pembiayaan Rakyat Syariah Bobato Lestari pada tanggal 5 Oktober 2016 di Jakarta, dengan susunan pengurus; H. Djufri S.J. Sangadji (Komisaris Utama), Drs. Amrin Salasa (Komisari), Husni Abdul Halim (Direktur Utama), Runi Abd. Hamid (Direktur), Drs. H. Abd. Karim Ibrahim (Ketua DPS) dan Abu Bakar Esa,SE.MM (Anggota DPS), dengan akta pendirian nomor 33 tanggal 28 Juli 2015 yang buat oleh notaris Muhammad Anshar A. Basinu,SH. Di Ternate dan di sahkan oleh keputusan menteri Hukum dan Hak asasi Manusia Republik Indonesia Nomor AHU-2450072.AH.01.01.TAHUN 2015.

Dengan diterbitkannya izin Usaha BPRS Bobato Lestari dari OJK tersebut, BPRS Bobato Lestari memulai soft opening dan melayani nasabah pada tanggal 07 November 2016, dan 15 hari kemudian setelah dimulainya soft opening, Operasional BPRS Bobato Lestari diresmikan oleh wali kota Tidore Kepulauan bapak Capt. H. Ali Ibrahim,MH dan wakil wali kota Muhammad Senin,SE.MM yang di tandai dengan pengguntingan pita di kantor BPRS Bobato Lestari yang beralamat di jalan Kemakmuran Kelurahan Tuguwaji Kota Tidore Kepulauan.